冻干机是由箱体、冷阱、真空系统、压塞系统、控制系统、制冷系统、清洗系统、加热系统、灭菌系统等组成。其中冻干机的箱体及冷阱属于冻干机的主要组成部分，是在前期设计决定后，后期无法更改的。因此在选择冻干机时首先考虑的是冻干机的冻干箱与冷阱的形式。
冻干机的冻干箱与冷阱的形式，可以分为箱阱一体式和箱阱分离式，其中箱阱分离式的和箱阱一体式的升华效率差别很大。
箱阱一体式的冻干机，效率非常高，成本相对来说比箱阱分离式的同样大小的要便宜一些。对于研发冻干机的冻融一体式冻干机的效率高，产品的性能没有影响，只要是找到关键温度，获得合适的晶型结构就可以进行扩大生产。
对于一些冷热敏感性的物料应该选择箱阱分离式的冻干机，因为箱阱分离式冻干机有压力升测试，可以判断冻干终点。但是箱阱分离式冻干机，由于多了一个关键的中隔阀，而且必须是可以控制其开度的，因此价格成本上会增加不少。
对于箱阱一体式冻干机和箱阱分离式冻干机都可以选择带压塞功能的、硅油循环加热的，真空系统的配置都可以选择国外的。
对于大型生产型冻干机的选择主要是考虑冻干产品的工艺稳定性，也就是能考高效安全的获得需要的冻干制品，防止污染、防止质量变质，其中防止污染、清洁灭菌等要首先考虑，其次考虑冻干机补冰的效率、在线压塞、物料进出自动化功能等。
对于采用在位灭菌的冻干机，如果选用蒸汽灭菌属于压力容器，成本相对来说较高，但是灭菌*，验证容易。而采用VHP灭菌成本相对来说比较低。不过可能存在残留问题，灭菌时间较长等问题。因此需要结合情况进行综合考虑。
对于制药冻干机和食品冻干机由于风险和成本效率的不同，因此大多采用不同的冻干机，如制药追求的是质量，工艺控制，因此多采用分离式的，而食品冻干机一般追求的是效率和成本多采用一体式的冻干机，但是大型生产型冻干机可以跨形式的设计冻干产线，使得成本效率和工艺控制能够合理的结合。
对于冻干机为什么一体式的冻干机效率高于分离式的冻干机呢？因为冻干机内部升华的蒸汽的流动是从饱和蒸气压大的地方流向低的地方，而在流动过程中的阻力的不同，影响了其效率。分离式的由于通道长，而且连接处阻力大，因此效率低于一体式的。因此选择冻干机的时候不能一味的觉得分体式的一定要好于一体式的，主要是看做的冻干制品的工艺要求，还有冻干机的关键因素控制的能力，如板层温度的均一性，通道设计的卫生洁净度，真空极限的设计，泄漏率等。
