低温冻干机由制冷系统、真空系统、加热系统和电气仪表控制系统组成。其主要组成部分是干燥箱、冷凝器、制冷机组、真空泵、加热/冷却装置等。制冷系统是冻干机的重要部分，被称为"冻干机的心脏"。制冷系统主要由以下部件组成：压缩机、制冷剂、油分离器、水冷凝器、干燥过滤器、中冷器、视镜、电磁阀、手阀（头阀）、膨胀阀、蒸发器（板式交换器、后箱式冷凝器盘管）、汽液分离器、回风过滤器、压力表、压力控制继电器、CPCE（能量调节器）、安全阀、制冷管路等。
低温冻干机的容量应根据企业生产规模或实验的需要来选择。冻干机一般分为三个系列：实验型系列、中试型系列和生产型系列，每个系列有不同规格的机型。实验型系列冻干机主要用于科研工作，其冻干量非常小。冷凝器的冷冻量每批小于10公斤。冻干箱的平板面积小于0.5平方米。一些实验室型冻干机的冻干箱是钟罩式或多歧管式的。
中试和小规模生产系列用于扩大试验和小规模生产。冷凝器的冻结量为每批10-40公斤，冻干箱的板面积为0.5-2平方米。生产系列的冻干机用于工业化大生产。冷凝器的冻结量为每批40-1600公斤，冻干箱的板面积为3-80平方米。
用户应根据自己的生产能力决定选择哪种类型的低温冻干机，某些数据可以通过计算确定。例如，每批需要冻干的液体体积为200kg（L）的产品，应首先选择冷凝器结冰量不小于200kg（L）的冻干机。然后计算冻干槽底板的承载面积，这与产品的装载方式有关。盘装法和瓶装法的面积不一定相同。盘式包装法充分利用了盘层的面积，而瓶式包装法由于没有充分利用瓶子之间的间隙，所以需要很大的盘层面积。
